Genomy

Rozdział 1 : Genomy, transkryptomy i proteomy; 1.1. DNA 2; 1.2. RNA i tran skryptom; 1.3. Białka i proteom; Rozdział 2 : Analiza DNA; 2.1. Enzymy służące do manipulacji DNA; 2.2. Reakcja łańcuchowa polimera zy (PCR); 2.3. Klonowanie DNA; Rozdział 3 : Mapowanie genomów; 3.1. Dlaczego mapa genomu jest ważna; 3.2. Mar kery do mapowania genetycznego; 3.3. Podstawy mapowania genetycznego; 3.4. Przeprowadzanie analizy sprzężeń w różnych typach organizmów; 3.5. Mapowanie fizyczne przez bezpośrednie badanie cząsteczek DNA; 3.6. Mapowanie fizyczne przez przypisywanie markerów do fragmentów DNA; Rozdział 4 : Sekwencjonowanie genomów; 4.1. Sekwencjonowanie metodą terminacji łańcucha; 4.2. Sekwencjonowanie metoda mi nowej generacji; 4.3. Jak zsekwencjonować genom; 4.4. Przegląd projektów sekwencjonowania genomów eukariotycznych; Rozdział 5 : Anotacja genomu; 5.1. Lokalizowanie genów w sekwencjach DNA przez komputerową analizę sekwencji; 5.2. Anotacja gemomu przez analizę tran skryptów genów; 5.3. Anotacja przez całogenomowe mapowanie RNA; 5.4. Przeglądarki genomów Rozdział 6 : Ustalanie funkcji genu; 6.1. Komputerowa analiza funkcji genu; 6.2. Przypisywanie funkcji przez inaktywację i nadekspresję genu; 6.3. Zrozumienie funkcji genu przez badan ia wzoru ekspresji i produktu białkowego; Do szczegółowego badania funkcji genu można wykorzystać mutagenezę ukierunkowaną; 6.4. Wykorzystanie konwencjonalnej analizy genetycznej do identyfikacji funkcji genu; Rozdział 7 : Eukariotyczne genomy jądrowe; 7.1. Genomy jądrowe znajdują się w chromosomach; 7.2. W jaki sposób geny są zorganizowane w genomie jądrowym?; 7.3. Ile jest genów i jakie są ich funkcje?; 7.4. Za wartość powtarzającego się DNA w eukariotycznych genomach jądrowych; Rozdział 8 : Genomy prokariontów i organelli eukariotycznych; 8.1. Właściwości fizyczne genomów prokariotycznych; 8.2. Właściwości genetyczne genomów prokariotycznych; 8.3. Eukariotyczne genomy organellarne; Rozdział 9 : Genomy wirusów i ruchome elementy genetyczne; 9.1. Genomy ba kteriofagów i wirusów eukariotycznych; 9.2. Ruchome elementy genetyczne; Rozdział 10 : Dostępność genomu; 10.1. Wewnątrz jądra; 10.2. Modyfikacje nukleosomów a ekspresja genomu; 10.3. Modyfikacje DNA a ekspresja genomu; Rozdział 11 : Rola białek wiążących DNA w ekspresji genomu; 11.1. Metody badan ia białek wiążących DNA i ich miejsc wiązania; 11.2. Specyficzne cechy białek wiążących DNA; 11.3. Oddziaływanie między DNA a wiążącymi je białkami; Rozdział 12 : Transkryptomy; 12.1. Składniki tran skryptomu 247 mRNA jest mało liczną, ale za to złożoną częścią transkryptomu ; 12.2. Synteza składników tran skryptomul 12.3. Degrada cja składników tran skryptomu; 12.4. Wpływ obróbki RNA na skład tran skryptomu; 12.5. Badania tran skryptomów; Rozdział 13 : Proteomy; 13.1. Badanie składu proteomu; 13.2. Identyfikacja białek, które oddziałują ze sobą; 13.3. Synteza i degrada cja składników proteomu; 13.4. Wpływ procesów dojrzewania białek na skład proteomu; 13.5. Wyjść poza proteom; Rozdział 14 : Ekspresja genomu w kontekście komórek i organizmów; 14.1. Odpowiedź genomu na sygnały zewnętrzne; 14.2. Zmiany w aktywności genomu prowadzące do różnicowania komórkowego;14.3. Zmiany w aktywności genomu leżące u podstaw; Rozdział 15 : Replikacja genomu; 15.1. Topologia replikacji genomu; 15.2. Faza inicjacji replikacji genomu; 15.3. Zjawiska zachodzące w obrębie widełek replikacyjnych; 15.4. Terminacja replikacji genomu; 15.5. Regulacja replikacji genomu eukariotycznego; Rozdział 16 : Mutacje i naprawa DNA; 16.1. Przyczyny mutacji; 16.2. Naprawa mutacji i innych typów uszkodzeń DNA; Rozdział 17 : Rekombinacja i transpozycja; 17.1. Rekombinacja homologiczna; 17.2. Rekombinacja umiejscowiona; 17.3. Transpozycja; Rozdział 18 : Drogi ewolucji genomów; 18.1. Genomy: pierwsze 10 miliardów lat; 18.2. Ewolucja coraz bardziej złożonych genomów; 18.3. Genomy: ostatnie 6 milionów lat; 18.4. Genomy dziś: zróżnicowanie populacji. [K]